甲南高校同窓会は、本部内に事業局・広報局・財務局・事務局の4つの局を設置し、それぞれの局が独立して活動しています。
毎年の総会は、期数の下一桁で選出した実行委員会（当番期）により持ち回りで担当します。
また外局として地区支部があり、それぞれの支部が独立して活動しています。地区支部でも毎年1回、総会を開催しています。
各組織の詳しい役割は 同窓会会則 をご覧ください
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